簡(jiǎn)要描述：Rubicon Genomics ThruPLEX Plasma-seq NGS
ThruPLEX® Plasma-seq基于ThruPLEX技術(shù)，并用于血漿來(lái)源cfDNA高品質(zhì)NGS文庫(kù)構(gòu)建。
該試劑專門(mén)針對(duì)cfDNA進(jìn)行優(yōu)化，在保持樣本GC代表性的基礎(chǔ)上，提升了文庫(kù)的信息容量。文庫(kù)構(gòu)建后可用于CNV分析、全基因組測(cè)序分析或是采用一些panel針對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行捕獲富集后的DNA分析

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Rubicon Genomics ThruPLEX Plasma-seq NGS

產(chǎn)品規(guī)格

品牌                                   貨號(hào)                            名稱                                                            代理商

Rubicon Genomics   R400490   ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit 12Rxns    紅榮微再生物工程技術(shù)

Rubicon Genomics   R400491   ThruPLEX Plasma-seq 48S Kit 48Rxns   紅榮微再生物工程技術(shù)

Rubicon Genomics   R400492   ThruPLEX Plasma-seq 96D Kit 96Rxns   紅榮微再生物工程技術(shù)

ThruPLEX® Plasma-seq基于ThruPLEX技術(shù)，并用于血漿來(lái)源cfDNA高品質(zhì)NGS文庫(kù)構(gòu)建。

該試劑專門(mén)針對(duì)cfDNA進(jìn)行優(yōu)化，在保持樣本GC代表性的基礎(chǔ)上，提升了文庫(kù)的信息容量。文庫(kù)構(gòu)建后可用于CNV分析、全基因組測(cè)序分析或是采用一些panel針對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行捕獲富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。

血漿樣品采用ThruPLEX Plasma-seq試劑盒制備文庫(kù)，能有更好的靈敏度、更準(zhǔn)確的基因變異分析結(jié)果。與其它液態(tài)活檢的樣品一樣，血漿由于其易獲得、價(jià)值高的特點(diǎn)，深受研究腫瘤學(xué)或者孕婦血漿中胎兒游離DNA科研工作者的重視。Rubicon RB4490/R400490 ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit 血漿游離DNA測(cè)序試劑盒應(yīng)用于：胎兒染色體非整倍體檢測(cè)試劑盒、無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測(cè)、腫瘤無(wú)創(chuàng)檢測(cè)、cfDNA血漿游離DNA檢測(cè) 、靶向基因檢測(cè)試劑。

高品質(zhì)血漿來(lái)源cell free DNA NGS文庫(kù)構(gòu)建試劑

ThruPLEX® Plasma-seq Kit

· 專為cfDNA設(shè)計(jì)：經(jīng)過(guò)優(yōu)化的修復(fù)及連接試劑

· 高品質(zhì)NGS文庫(kù)：在寬廣的GC含量范圍內(nèi)，可以達(dá)到高檢測(cè)再現(xiàn)性

· 起始量范圍廣：＜1 ng到30 ng cfDNA量

· 快速簡(jiǎn)便：無(wú)需純化或樣品轉(zhuǎn)移的單管、2小時(shí)、3步操作步驟

· 應(yīng)用領(lǐng)域：液態(tài)活檢、ctDNA、目標(biāo)區(qū)域測(cè)序等領(lǐng)域文庫(kù)構(gòu)建

· 兼容自動(dòng)化平臺(tái)：Beckman® FXP Workstation

產(chǎn)品組成

· Template Preparation Buffer（Red）模板準(zhǔn)備緩沖液（紅色）

· Template Preparation Enzyme（Red）模板準(zhǔn)備酶（紅色）

· Library Synthesis Buffer（Yellow）文庫(kù)合成緩沖液（黃色）

· Library Synthesis Enzyme（Yellow）文庫(kù)合成酶（黃色）

· Library Amplification Buffer（Green）文庫(kù)擴(kuò)增緩沖液（綠色）

· Library Amplification Enzyme（Green）文庫(kù)擴(kuò)增酶（綠色）

· Nuclease-Free Water（Clear）無(wú)核酸酶水

· Indexing Reagent（Blue）or Indexing Plate索引試劑（藍(lán)色）

· Quick Protocol（N/A）使用方法

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Rubicon Genomics ThruPLEX Plasma-seq NGS

圖1. ThruPLEX® 技術(shù)概要。ThruPLEX Plasma-seq Kit技術(shù)3步反應(yīng)即可完成針對(duì)cell free DNA的建庫(kù)工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的進(jìn)行末端修復(fù)。通過(guò)采用莖環(huán)形接頭（無(wú)單鏈尾巴）進(jìn)行高效平端連接，降低了背景。封閉的5’端阻止了接頭-接頭二聚體形成。隨后未使用的接頭被降解，進(jìn)一步降低背景。高保真度擴(kuò)增的方式完成以上反應(yīng)，并獲得含有illumina index的文庫(kù)。

（*圖片來(lái)源于Takara Bio USA,Inc.）

圖2. 高cfDNA文庫(kù)多樣性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫(kù)，具有高的多樣性和低的duplicates和unmapped reads。圖中表示cfDNA分別提取于3份血漿樣品，文庫(kù)定量采用Qubit熒光定量。Bioanalyzer測(cè)定mononucleosomal DNA在各樣品的量分別為0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式測(cè)序，且每個(gè)文庫(kù)產(chǎn)生17 M到25 M reads。每個(gè)文庫(kù)在down-sampling數(shù)據(jù)至17 M reads以后，計(jì)算Duplication rates。

（*圖片來(lái)源于Takara Bio USA,Inc.）

圖3. 優(yōu)異的靶向測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建能力。圖中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫(kù)通過(guò)panel進(jìn)行高效捕獲，對(duì)kinome進(jìn)行深度測(cè)序分析以檢測(cè)突變。3個(gè)血漿樣品分別起始建庫(kù)量為5 ng、6.5 ng、10 ng，三次重復(fù)。目標(biāo)區(qū)域采用SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel進(jìn)行捕獲，并用Illumina Miseq平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序，平均每個(gè)文庫(kù)獲得5 M reads，目標(biāo)堿基被成功捕獲分析。

（*圖片來(lái)源于Takara Bio USA,Inc.）

圖4. 高重復(fù)性的、無(wú)偏倚的GC覆蓋度。針對(duì)人類基因組，ThruPLEX Plasma-seq Kit表現(xiàn)出高再現(xiàn)性、低偏倚GC覆蓋度NGS文庫(kù)構(gòu)建能力。9次獨(dú)立的血漿樣品文庫(kù)構(gòu)建的實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，ThruPLEX重復(fù)性高于其它產(chǎn)品。文庫(kù)的制備是利用的1 mL血漿來(lái)源cfDNA，后續(xù)采用illumina NextSeq 500進(jìn)行測(cè)序。作為對(duì)比，A公司試劑構(gòu)建了4份獨(dú)立血漿樣品的文庫(kù)。

（*圖片來(lái)源于Takara Bio USA,Inc.）

圖5. Karolinska協(xié)會(huì)和CRUK測(cè)試的結(jié)果。5 ng游離cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit進(jìn)行illumina文庫(kù)構(gòu)建。結(jié)果表明利用Hiseq平臺(tái)進(jìn)行的Low-pass WGS,每個(gè)文庫(kù)能獲得接近12.5 M reads。 

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